Genomics und Transkript-Profiling
Änderungen in der Genexpression in Thellungiella salsuginea während einer zweiwöchigen Kältephase (4°C) zeigen den starken Einfluss von Temperaturänderungen auf den pflanzlichen Stoffwechsel. Die Menge an mRNAs wurde mit Hilfe der microarray Technologie gemessen. Die betrachteten Gene sind unterschiedlichen Stoffwechselwegen zugeordnet. Rot markierte Gene zeigen bei 4°C eine geringere Expression als bei 20°C, blau markierte Gene verhalten sich umgekehrt. (verändert nach Lee et al. (2013) BMC Genomics 14, 793)
Mit Transkript-Profiling wird eine Gruppe von Methoden bezeichnet, mit denen es möglich ist, die Produkte (mRNAs) der Gene eines Organismus zeitgleich in einem Experiment zu bestimmen. Dazu werden entweder kleine Trägerplatten verwendet, auf denen repräsentative Stücke aller Gene auf kleinstem Raum angeordnet sind (microarrays). Alternativ werden moderne Sequenziertechniken (RNA-Seq) verwendet, um die Menge jeder mRNA in einer komplexen Probe zu quantifizieren. Wir verwenden diese Methoden, um die Genexpression z. B. in Arabidopsis, Thellungiella, Kartoffel, oder Reis unter verschiedenen Stressbedingungen wie Trockenheit, Kälte, oder Bodenversalzung zu analysieren und darüber molekulare Mechanismen der pflanzlichen Stresstoleranz aufzudecken. Zusätzlich analysieren wir die Stresstoleranz und andere physiologische und biochemische Parameter, wie Metabolitgehalte und Enzymaktivitäten unserer Versuchspflanzen, um die funktionelle Bedeutung der beobachteten Unterschiede in der Genexpression zu verstehen.
