Publications of the Group

Fischer, A.; Dotzek, J.; Walther, D.; Greiner, S.: Graph-based models of the Oenothera mitochondrial genome capture the enormous complexity of higher plant mitochondrial DNA organization. NAR: genomics and bioinformatics 4 (2), lqac027 (2022)

Santangelo, J.S.; Ness, R.W.; Cohan, B.; Fitzpatrick, C.R.; Innes, S.G.; Koch, S.; Miles, L.S.; Munim, S.; Peres-Neto, P.R.; Prashad, C. et al.; Tong, A.T.; Aguirre, W.E.; Akinwole, P.O.; Alberti, M.; Álvarez, J.; Anderson, J.T.; Anderson, J.J.; Ando, Y.; Andrew, N.R.; Angeoletto, F.; Anstett, D.N.; Anstett, J.; Aoki-Gonçalves, F.; Arietta, A.Z.A.; Arroyo, M.T.K.; Austen, E.J.; Baena-Díaz, F.; Barker, C.A.; Baylis, H.A.; Beliz, J.M.; Benitez-Mora, A.; Bickford, D.; Biedebach, G.; Blackburn, G.S.; Boehm, M.M.A.; Bonser, S.P.; Bonte, D.; Bragger, J.R.; Branquinho, C.; Brans, K.I.; Bresciano, J.C.; Brom, P.D.; Bucharova, A.; Burt, B.; Cahill, J.F.; Campbell, K.D.; Carlen, E.J.; Carmona, D.; Castellanos, M.C.; Centenaro, G.; Chalen, I.; Chaves, J.A.; Chávez-Pesqueira, M.; Chen, X.-Y.; Chilton, A.M.; Chomiak, K.M.; Cisneros-Heredia, D.F.; Cisse, I.K.; Classen, A.T.; Comerford, M.S.; Fradinger, C.C.; Corney, H.; Crawford, A.J.; Crawford, K.M.; Dahirel, M.; David, S.; De Haan, R.; Deacon, N.J.; Dean, C.; Del-Val, E.; Deligiannis, E.K.; Denney, D.; Dettlaff, M.A.; DiLeo, M.F.; Ding, Y.-Y.; Domínguez-López, M.E.; Dominoni, D.M.; Draud, S.L.; Dyson, K.; Ellers, J.; Espinosa, C.I.; Essi, L.; Falahati-Anbaran, M.; Falcão, J.C.F.; Fargo, H.T.; Fellowes, M.D.E.; Fitzpatrick, R.M.; Flaherty, L.E.; Flood, P.J.; Flores, M.F.; Fornoni, J.; Foster, A.G.; Frost, C.J.; Fuentes, T.L.; Fulkerson, J.R.; Gagnon, E.; Garbsch, F.; Garroway, C.J.; Gerstein, A.C.; Giasson, M.M.; Girdler, E.B.; Gkelis, S.; Godsoe, W.; Golemiec, A.M.; Golemiec, M.; González-Lagos, C.; Gorton, A.J.; Gotanda, K.M.; Granath, G.; Greiner, S.; Griffiths, J.S.; Grilo, F.; Gundel, P.E.; Hamilton, B.; Hardin, J.M.; He, T.; Heard, S.B.; Henriques, A.F.; Hernández-Poveda, M.; Hetherington-Rauth, M.C.; Hill, S.J.; Hochuli, D.F.; Hodgins, K.A.; Hood, G.R.; Hopkins, G.R.; Hovanes, K.A.; Howard, A.R.; Hubbard, S.C.; Ibarra-Cerdeña, C.N.; Iñiguez-Armijos, C.; Jara-Arancio, P.; Jarrett, B.J.M.; Jeannot, M.; Jiménez-Lobato, V.; Johnson, M.; Johnson, O.; Johnson, P.P.; Johnson, R.; Josephson, M.P.; Jung, M.C.; Just, M.G.; Kahilainen, A.; Kailing, O.S.; Kariñho-Betancourt, E.; Karousou, R.; Kirn, L.A.; Kirschbaum, A.; Laine, A.-L.; LaMontagne, J.M.; Lampei, C.; Lara, C.; Larson, E.L.; Lázaro-Lobo, A.; Le, J.H.; Leandro, D.S.; Lee, C.; Lei, Y.; León, C.A.; Lequerica Tamara, M.E.; Levesque, D.C.; Liao, W.-J.; Ljubotina, M.; Locke, H.; Lockett, M.T.; Longo, T.C.; Lundholm, J.T.; MacGillavry, T.; Mackin, C.R.; Mahmoud, A.R.; Manju, I.A.; Mariën, J.; Martínez, D.N.; Martínez-Bartolomé, M.; Meineke, E.K.; Mendoza-Arroyo, W.; Merritt, T.J.S.; Merritt, L.E.L.; Migiani, G.; Minor, E.S.; Mitchell, N.; Mohammadi Bazargani, M.; Moles, A.T.; Monk, J.D.; Moore, C.M.; Morales-Morales, P.A.; Moyers, B.T.; Muñoz-Rojas, M.; Munshi-South, J.; Murphy, S.M.; Murúa, M.M.; Neila, M.; Nikolaidis, O.; Njunjić, I.; Nosko, P.; Núñez-Farfán, J.; Ohgushi, T.; Olsen, K.M.; Opedal, Ø.; Ornelas, C.; Parachnowitsch, A.L.; Paratore, A.S.; Parody-Merino, A.M.; Paule, J.; Paulo, O.S.; Pena, J.C.; Pfeiffer, V.W.; Pinho, P.; Piot, A.; Porth, I.M.; Poulos, N.; Puentes, A.; Qu, J.; Quintero-Vallejo, E.; Raciti, S.M.; Raeymaekers, J.A.M.; Raveala, K.M.; Rennison, D.J.; Ribeiro, M.C.; Richardson, J.L.; Rivas-Torres, G.; Rivera, B.J.; Roddy, A.B.; Rodriguez-Muñoz, E.; Román, J.R.; Rossi, L.S.; Rowntree, J.K.; Ryan, T.J.; Salinas, S.; Sanders, N.J.; Santiago-Rosario, L.Y.; Savage, A.M.; Scheepens, J.F.; Schilthuizen, M.; Schneider, A.C.; Scholier, T.; Scott, J.L.; Shaheed, S.A.; Shefferson, R.P.; Shepard, C.A.; Shykoff, J.A.; Silveira, G.; Smith, A.D.; Solis-Gabriel, L.; Soro, A.; Spellman, K.V.; Whitney, K.S.; Starke-Ottich, I.; Stephan, J.G.; Stephens, J.D.; Szulc, J.; Szulkin, M.; Tack, A.J.M.; Tamburrino, Í.; Tate, T.D.; Tergemina, E.; Theodorou, P.; Thompson, K.A.; Threlfall, C.G.; Tinghitella, R.M.; Toledo-Chelala, L.; Tong, X.; Uroy, L.; Utsumi, S.; Vandegehuchte, M.L.; VanWallendael, A.; Vidal, P.M.; Wadgymar, S.M.; Wang, A.-Y.; Wang, N.; Warbrick, M.L.; Whitney, K.D.; Wiesmeier, M.; Wiles, J.T.; Wu, J.; Xirocostas, Z.A.; Yan, Z.; Yao, J.; Yoder, J.B.; Yoshida, O.; Zhang, J.; Zhao, Z.; Ziter, C.D.; Zuellig, M.P.; Zufall, R.A.; Zurita, J.E.; Zytynska, S.E.; Johnson, M.T.J.: Global urban environmental change drives adaptation in white clover. Science 375 (6586), pp. 1275 - 1281 (2022)

Forner, J.; Kleinschmidt, D.; Meyer, E. H.; Fischer, A.; Morbitzer, R.; Lahaye, T.; Schöttler, M. A.; Bock, R.: Targeted introduction of heritable point mutations into the plant mitochondrial genome. Nature Plants 8, pp. 245 - 256 (2022)

Zupok, A.; Kozul, D.; Schöttler, M. A.; Niehörster, J.; Garbsch, F.; Liere, K.; Fischer, A.; Zoschke, R.; Malinova, I.; Bock, R. et al.; Greiner, S.: A photosynthesis operon in the chloroplast genome drives speciation in evening primroses. The Plant Cell 33 (8), pp. 2583 - 2601 (2021)

Malinova, I.; Zupok, A.; Massouh, A.; Schöttler, M. A.; Meyer, E. H.; Yaneva-Roder, L.; Szymanski, W. G.; Rößner, M.; Ruf, S.; Bock, R. et al.; Greiner, S.: Correction of Frameshift Mutations in the atpB Gene by Translational Recoding in Chloroplasts of Oenothera and Tobacco. The Plant Cell 33 (5), pp. 1682 - 1705 (2021)

Caroca, R.; Howell, K. A.; Malinova, I.; Burgos, A.; Tiller, N.; Pellizzer, T.; Annunziata, M. G.; Hasse, C.; Ruf, S.; Karcher, D. et al.; Bock, R.: Knock-down of the plastid-encoded acetyl-CoA carboxylase gene uncovers functions in metabolism and development. Plant Physiology 185 (3), pp. 1091 - 1110 (2021)

Greiner, S.; Golczyk, H.; Malinova, I.; Pellizzer, T.; Bock, R.; Börner, T.; Herrmann, R. G.: Chloroplast nucleoids are highly dynamic in ploidy, number, and structure during angiosperm leaf development. The Plant Journal 102 (4), pp. 730 - 746 (2020)

Greiner, S.; Lehwark, P.; Bock, R.: OrganellarGenomeDRAW (OGDRAW) version 1.3.1: expanded toolkit for the graphical visualization of organellar genomes. Nucleic Acids Research 47 (W1), pp. W59 - W64 (2019)

Bdolach, E.; Prusty, M. R.; Faigenboim-Doron, A.; Filichkin, T.; Helgerson, L.; Schmid, K. J.; Greiner, S.; Fridman, E.: Thermal plasticity of the circadian clock is under nuclear and cytoplasmic control in wild barley. Plant, Cell and Environment 42 (11), pp. 3105 - 3120 (2019)

Hollister, J. D.; Greiner, S.; Johnson, M. T. J.; Wright, S. I.: Hybridization and a loss of sex shape genome-wide diversity and the origin of species in the evening primroses (Oenothera, Onagraceae). New Phytologist 224 (3), pp. 1372 - 1380 (2019)

Leebens-Mack, J. H.; Barker, M. S.; Carpenter, E. J.; Deyholos, M. K.; Gitzendanner, M. A.; Graham, S. W.; Grosse, I.; Li, Z.; Melkonian, M.; Mirarab, S. et al.; Porsch, M.; Quint, M.; Rensing, S. A.; Soltis, D. E.; Soltis, P. S.; Stevenson, D. W.; Ullrich, K. K.; Wickett, N. J.; DeGironimo, L.; Edger, P. P.; Jordon-Thaden, I. E.; Joya, S.; Liu, T.; Melkonian, B.; Miles, N. W.; Pokorny, L.; Quigley, C.; Thomas, P.; Villarreal, J. C.; Augustin, M. M.; Barrett, M. D.; Baucom, R. S.; Beerling, D. J.; Benstein, R. M.; Biffin, E.; Brockington, S. F.; Burge, D. O.; Burris, J. N.; Burris, K. P.; Burtet-Sarramegna, V.; Caicedo, A. L.; Cannon, S. B.; Çebi, Z.; Chang, Y.; Chater, C.; Cheeseman, J. M.; Chen, T.; Clarke, N. D.; Clayton, H.; Covshoff, S.; Crandall-Stotler, B. J.; Cross, H.; dePamphilis, C. W.; Der, J. P.; Determann, R.; Dickson, R. C.; Stilio, D.; S., V.; Ellis, S.; Fast, E.; Feja, N.; Field, K. J.; Filatov, D. A.; Finnegan, P. M.; Floyd, S. K.; Fogliani, B.; García, N.; Gâteblé, G.; Godden, G. T.; Goh, F. (. Y.; Greiner, S.; Harkess, A.; Heaney, J. M.; Helliwell, K. E.; Heyduk, K.; Hibberd, J. M.; Hodel, R. G. J.; Hollingsworth, P. M.; Johnson, M. T. J.; Jost, R.; Joyce, B.; Kapralov, M. V.; Kazamia, E.; Kellogg, E. A.; Koch, M. A.; Von Konrat, M.; Könyves, K.; Kutchan, T. M.; Lam, V.; Larsson, A.; Leitch, A. R.; Lentz, R.; Li, F.-W.; Lowe, A. J.; Ludwig, M.; Manos, P. S.; Mavrodiev, E.; McCormick, M. K.; McKain, M.; McLellan, T.; McNeal, J. R.; Miller, R. E.; Nelson, M. N.; Peng, Y.; Ralph, P.; Real, D.; Riggins, C. W.; Ruhsam, M.; Sage, R. F.; Sakai, A. K.; Scascitella, M.; Schilling, E. E.; Schlösser, E.-M.; Sederoff, H.; Servick, S.; Sessa, E. B.; Shaw, A. J.; Shaw, S. W.; Sigel, E. M.; Skema, C.; Smith, A. G.; Smithson, A.; Stewart, C. N.; Stinchcombe, J. R.; Szövényi, P.; Tate, J. A.; Tiebel, H.; Trapnell, D.; Villegente, M.; Wang, C.-N.; Weller, S. G.; Wenzel, M.; Weststrand, S.; Westwood, J. H.; Whigham, D. F.; Wu, S.; Wulff, A. S.; Yang, Y.; Zhu, D.; Zhuang, C.; Zuidof, J.; Chase, M. W.; Pires, J. C.; Rothfels, C. J.; Yu, J.; Chen, C.; Chen, L.; Cheng, S.; Li, J.; Li, R.; Li, X.; Lu, H.; Ou, Y.; Sun, X.; Tan, X.; Tang, J.; Tian, Z.; Wang, F.; Wang, J.; Wei, X.; Xu, X.; Yan, Z.; Yang, F.; Zhong, X.; Zhou, F.; Zhu, Y.; Zhang, Y.; Ayyampalayam, S.; Barkman, T. J.; Nguyen, N.-p.; Matasci, N.; Nelson, D. R.; Sayyari, E.; Wafula, E. K.; Walls, R. L.; Warnow, T.; An, H.; Arrigo, N.; Baniaga, A. E.; Galuska, S.; Jorgensen, S. A.; Kidder, T. I.; Kong, H.; Lu-Irving, P.; Marx, H. E.; Qi, X.; Reardon, C. R.; Sutherland, B. L.; Tiley, G. P.; Welles, S. R.; Yu, R.; Zhan, S.; Gramzow, L.; Theißen, G.; Wong, G. K.-S.; Initiative, O. T. P. T.: One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants. Nature 574 (7780), pp. 679 - 685 (2019)

Lehwark, P.; Greiner, S.: GB2sequin-A file converter preparing custom GenBank files for database submission. Genomics 111 (4), pp. 759 - 761 (2019)

Sobanski, J.; Giavalisco, P.; Fischer, A.; Kreiner, J.M.; Walther, D.; Schöttler, M. A.; Pellizzer, T.; Golczyk, H.; Obata, T.; Bock, R. et al.; Sears, B.B.; Greiner, S.: Chloroplast competition is controlled by lipid biosynthesis in evening primroses. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116 (12), pp. 5665 - 5674 (2019)

Küken, A.; Sommer, F.; Yaneva-Roder, L.; Mackinder, L. C. M.; Höhne, M.; Geimer, S.; Jonikas, M. C.; Schroda, M.; Stitt, M.; Nikoloski, Z. et al.; Mettler, T.: Effects of microcompartmentation on flux distribution and metabolic pools in Chlamydomonas reinhardtii chloroplasts. eLife 7, e37960 (2018)

Thormählen, I.; Zupok, A.; Rescher, J.; Leger, J.; Weissenberger, S.; Groysman, J.; Orwat, A.; Chatel-Innocenti, G.; Issakidis-Bourguet, E.; Armbruster, U. et al.; Geigenberger, P.: Thioredoxins Play a Crucial Role in Dynamic Acclimation of Photosynthesis in Fluctuating Light. Molecular Plant 10 (1), pp. 168 - 182 (2017)

Tillich, M.; Lehwark, P.; Pellizzer, T.; Ulbricht-Jones, E. S.; Fischer, A.; Bock, R.; Greiner, S.: GeSeq - versatile and accurate annotation of organelle genomes. Nucleic Acids Research 45 (W1), pp. W6 - W11 (2017)

Massouh, A.; Schubert, J.; Yaneva-Roder, L.; Ulbricht-Jones, E. S.; Zupok, A.; Johnson, M. T. J.; Wright, S. I.; Pellizer, T.; Sobanski, J.; Bock, R. et al.; Greiner, S.: Spontaneous Chloroplast Mutants Mostly Occur by Replication Slippage and Show a Biased Pattern in the Plastome of Oenothera. The Plant Cell 28 (4), pp. 911 - 929 (2016)

Agren, J. A.; Greiner, S.; Johnson, M. T. J.; Wright, S. I.: No evidence that sex and transposable elements drive genome size variation in evening primroses. Evolution 69 (4), pp. 1053 - 1062 (2015)

Hollister, J. D.; Greiner, S.; Wang, W.; Wang, J.; Zhang, Y.; Wong, G. K.-S.; Wright, S. I.; Johnson, M. T. J.: Recurrent Loss of Sex Is Associated with Accumulation of Deleterious Mutations in Oenothera. Molecular Biology and Evolution 32 (4), pp. 896 - 905 (2015)

Greiner, S.; Sobanski, J.; Bock, R.: Why are most organelle genomes transmitted maternally? Bioessays 37 (1), pp. 80 - 94 (2015)