Arbeitsgruppenleiter

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Dr. Joachim Kopka

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Abteilung Willmitzer

Angewandte Metabolom-Analyse und Wurzelmetabolismus

Der Fokus der Projektgruppe um Dr. Joachim Kopka liegt auf der vollständigen technischen Automatisierung von Hochdurchsatz-Metabolitprofil-Analysen (Analyse der Stoffwechselprodukte) für die Untersuchung des Primärmetabolismus in Wurzeln sowie von Wurzel-Substrat- und Wurzel-Sproß-Interaktionen.

Die Pflanzen Oryza sativa (Reis) und Arabidopsis thaliana (Ackerschmalwand) wie auch der Mikroorganismus Saccharomyces cerevisiae (Hefe) sind die Modelle für die Entwicklung von exakter und zunehmend umfassenderer Metabolit-Profilanalytik. Typische Experimente nutzen genetische Modifikation und natürliche genetische Diversität.

Kleinste Masseunterschiede ermöglichen die Identifikation von Metaboliten

Durch Unabhängigkeitsanalysen können Daten aus Metabolitenprofiling-Experimenten visualisiert werden. In diesem Beispiel stellt die Farbe und Größe der Punkte den zeitlichen Verlauf dar. Bild vergrößern
Durch Unabhängigkeitsanalysen können Daten aus Metabolitenprofiling-Experimenten visualisiert werden. In diesem Beispiel stellt die Farbe und Größe der Punkte den zeitlichen Verlauf dar.

Markierung der Organismen mit stabilen Isotopen wird genutzt, um am Molekulargewicht unterscheidbare Stoffwechselprodukte zu erzeugen. Dies dient der quantitativen Bestimmung von Metabolitkonzentrationen und Stofffluss. Die Gruppe kooperiert mit internationalen Gastwissenschaftlern und ist spezialisiert auf Metabolom-Analysen mittels an Gaschromatographie gekoppelter Massenspektrometrie (GC-MS). Verfügbare Instrumente basieren auf Quadrupol-, Ionenfallen- und Flugzeit-Massenspektrometrie.

Ein weiterer Arbeitsschwerpunkt der Gruppe besteht in der Entwicklung bioinformatischer Systeme für die molekulare und chemische Datenanalyse. In Kooperation mit der Infrastrukturgruppe Bioinformatik wurde PaVESy (Visualisierungs- und Editier-System für Stoffwechselwege) und GMD (Golm Metabolom Datenbank) etabliert.

Zugang zu den bioinformatischen Werkzeugen CORRECTOR und TagFinder finden Sie auf den englischsprachigen Seiten.

 
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